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处理费的收缴率为68.2%；不同省市中，收缴率最低的河北省为36.9%。2） 收费总量不能有效支撑运营
以山东省为例，处理厂运转费用严重不足，不能满负荷运转，时开时停或半运行。目前运转正常的盖家沟、海泊河等处理厂，总运行成本约1.12元/立方米，但全省平均处理收费标准为0.319元/立方米，仅占成本的28.5%。据初步估计，三峡库区19座处理厂年运行经费需6800万元（不含折旧），而2002年库区13个区县实际征收处理费只有1216万元，运行经费缺口5600万元。
在开征面小、收费率低、总量不足的情况下，想要实现投资主体多元化、运营主体企业化、运行管理市场化是有较大难度的。形成这些问题的主要原因有：
第一，部分地方被动地出台收费政策，忽视政策的连续性和制度的实施，或者没有具体实施，或者以极低的收费标准过渡性地实施，导致收费政策实施强度、深度不够。第二，地方承受能力有限，对于一些经济支付能力较低的不发达地区（如西北地区）和一些国家对其城市处理的要求远高于其他地区的重点地区，要求用户100%的负担处理成本是不现实的。第三，部分城市处理费不能保证专款专用，处理费多由自来水公司、水资源管理部门代收后交财政专户，然后拨付给处理厂，中间环节多，存在挤占、坐支处理费的现象；山东省部分县市还将处理费列为预算外资金统筹对象，统筹高达30%，使得原本就不足的处理费更加紧张。第四，由于缺乏相关法规，征收部门无法解决欠费、逃费、拒缴等问题，辽宁省处理欠费、漏收部分占应收的1/3。第五，收费缺少有效载体，责任不清，特别是自备水源的处理费收取，自备水源处理费的征收主体一般是水资源管理部门，但水资源管理部门主要负责征收水资源费，相对较忽视处理费的收取，而且与处理行业监管部门信息不对称，不利于自备水源处理费的收取；同时，由于水资源费较低，使得用户倾向于使用自备水源，这又间接影响了处理费的收缴。
4、政府监管体系不完善
产业化、市场化以后政府职能“由企业管理转为行业监管”，政府的监管体系正经历着一次大的转型，在转型过程中出现了以下问题：
1） 行业管理部门管理错位部分地方政府把招商引资作为其在产业化过程中的首要或唯一任务，偏离了效率和效益的根本目标，过多地关注项目投资和建设，强化资产管理职能，相对忽视对于安全、稳定和高效率运营的监管，形成管理上的错位。
2） 行业监管部门管理缺位，监管薄弱
政府行业监管工作不到位，缺乏有效手段，存在政府监管缺位、失效的潜在危机，如对处理企业运营成本和绩效缺乏具体监管，对企业实际运行情况及其技术路线实施情况缺乏监督与反馈，对企业利益和公众利益缺乏有效协调等。
3） 地方行政管理体制混乱
大部分省市政府处理行业监管部门为建设部门，小一部分城市是由从水利部门转变而成的水务局负责行业监管，这不利于政策的纵向贯彻执行、管理以及信息交流。在城市处理产业化过程中，部分城市没有明确规定牵头部门，责权利不清晰，致使在实际管理过程中出现了政出多门、管理真空，甚至是部门间争夺、抢占权力的现象。
造成政府监管体系不完善的原因主要有：
第一，政府对产业化发展目标及自身定位认识不清，行业监管部门普遍忽略公众责任部分，“甩包袱”思想较严重。延续原来对直属事业单位的管理思路，出身于建设领域的行业监管部门更多地关注处理设施建设的投资、质量和验收，忽略对新市场化投资主体的运营过程、服务质量的监管；一些出身于水利部门的行业监管部门对行业相对生疏，缺乏管理思路与手段，热衷于“一龙治水”的管理理念，少有考虑行业监管中公众责任的要素。
第二，贫乏监管能力和手段。政企分开后，政府无法找到有效行使监管职能的手段，致使一些监管工作没有落到实处而流于形式。如除质量标准外，没有服务性规范与标准以及企业运营绩效考核体系，从而缺乏对于企业的运营水平、企业真实成本的控制与把握；由于缺乏相关配套政策，许多特许经营项目一旦签约，政府监管部门似乎就放弃或者是无法对企业的服务、质量、技术流程和运营绩效进行监管。
第三，缺乏对政府的监督——公众监督、政府上下级间纵向监督。没有第三方对政府监管的合理性和有效性进行公正的评判和监督，政府上下级部门间纵向的监督也缺乏力度，政府部门在监管过程中所暴露的问题不能及时得到反映与改进，影响监管效果乃至城市处理产业化发展的进程与方向。
5、投融资体制存在问题
资金不足是我国城市处理行业普遍面临的难题，具体而言，处理行业投融资体制存在以下几方面的问题：
