鼠伤寒沙门氏菌为侵袭性致病菌，经口进入人体脱过胃酸作用后，在肠道内增殖，并粘附于肠粘膜上皮细胞，使刷状缘变性，进而侵入固有层，释放毒素，导致其充血、水肿、点状出血等急性炎症反应。细菌还可以进入血循环，形成菌血症、败血症、引起急性全身性感染。该菌侵入淋巴组织及血流进行播散时，多被单核—巨噬细胞吞噬清除，当机体免疫功能低下时，易变成局部迁徙性病变，如多发性化脓性脑炎、支气管肺炎、肾盂肾炎、骨髓炎、宫腔内感染等，甚至形成心、脑、肾、垂体、肾上腺、胆囊等灶性融合性坏死。细菌的毒素，一是菌体裂解后释放内毒素，是引起发热及微循环功能障碍的主要原因。
