潜伏期最短2小时，最长可达4周，多数为12～72小时。临床表现缺乏特异性和规律性。通常免疫功能正常者多表现为胃肠炎型，免疫功能不全者则为败血症型和混合型。
(一)胃肠炎型 本型多见。
1.食物中毒型起病大多急骤，畏寒、发热、有恶心、呕吐、头晕、乏力、全身酸痛，持续数小进或数日，随后发生腹泻，大便呈糊状或稀水样。乳婴儿多为黄绿色粘液便或黄色稀便，内有不消化的蛋花样奶块，个别患者偶带血丝。大部分患者有不同程度的腹痛，偶尔可有腹部绞痛。由于剧烈的吐泻，重者可有脱水、酸中毒和休克，婴幼儿常发生高热、惊厥或昏迷。
2.慢性迁延型此型可由食物中毒型或轻型感染迁延而来。临床表现为间歇性不规律发热，突然性腹泻，每日大便数次至十余次，粪便多为黄色或绿色稀水便，时而呈粘液、脓血便，少数患者有间歇性胶冻样便，伴有显著腥臭味。
除胃肠症状外，患者多有进行性营养不良、消瘦、精神萎靡、衰竭，贫血等症状。婴幼儿可有脱水征、电解质紊乱及酸中毒。亦可发生肺炎，真菌感染，肠出血，肠穿孔，坏死性出血性小肠炎、心肌炎，心、肾功能衰竭等并发症。
(二)败血症型 可无胃肠症状或仅有轻度胃肠症状而以不规则弛张热或稽留热为主要表现。发冷、出汗、面色苍白，精神萎靡，嗜睡，甚至惊厥、昏迷，乃至休克。体检时多发现全身多系统感染中毒表现，如皮疹或出血点、局部炎症性改变或脏器实质性损害。患者血培养鼠伤寒沙门氏菌阳性。
重症或老年患者常有弥漫性血管内凝血、中毒性肝炎、心肌炎、麻痹性肠梗阻、中毒性脑病及感染性休克等并发症。伴有并发症者预后差。
