“教授治学、学术自治”、理事会治校与党委领导下的校长负责制之间的矛盾与调和，也可以照此办理，大有探索空间矣!
说一千道一万，外部的制度环境固然重要，自身的努力才是根本和依据。就像从联合国到各个国家，都规定了保护儿童权利的公约和法律，但如何保护自己的孩子，还得靠每一个家长自己的努力。南科大由广东省领导和管理，经费由广东统筹安排解决，其中很大的力量就来自广东省方面。作为一个新办的大学，要想在“一穷二白”的基础上迅速脱颖而出，没有一番制度更新几乎是不可能的。这也决定了南科大的改革之路不会停止。
从教育部方面，即使在合法途径内对南科大完全“放手”，对整个国家教育秩序的影响也微乎其微。首先，这是一所新办的大学，没有这所大学，国家不差这几个招生名额;有了这所大学，招生名额的增加对整个招生体系的影响也很小。南科大的全日制在校生规模暂定为8000人，而2011年全国高考招生计划达到675万人，这是什么比例?而且，正如南科大创校校长朱清时所言，8000人是学校最终的长远目标，其中还应该包括研究生的数量。按照预先的设计，“学校在前五年的招生最多为2000人”，因为“我们希望南科大能办成精品，当师资队伍、设备和研究基地没有配套之前，我们不会大规模招生”。
可见，南科大合法性问题解决后，改革的步子其实可以迈得更快。