教育部的“路条”拿到了，南科大的身份不再尴尬，此前坊间的种种传言也不攻自破，事情正在按部就班地积极推进。欣慰之余，不免揣测，曾写入南科大暂行管理办法总则、也引起公众高度关注的“教授治学、学术自治”还能坚持吗?南科大之前招进来的那批学生又将如何善后?
南科大一度引发舆论风暴，固然与朱清时个人的魅力有关系，却也与其“教授治学、学术自治”等赓续传统的努力姿态不无关联。这些年来，关于高等教育改革的争论十分热烈，问题一长串，而药方也是一大叠，纷纷扰扰中，很多有识之士把目光往回看，回望民国以来的中国大学，蔡元培时期的北京大学、梅贻琦时代的清华大学，乃至此后的西南联大。南科大也成了寄托公众教育理想、凝聚某种社会共识的对象。
南科大终于被纳入现行的教育序列固然可喜，那么，“教授治学、学术自治”与现行的教育法规之间能兼容吗?从目前的情形看，教育部批复虽然没有回应这一热点，但其要求南科大遵守基本教育制度的说法，应该说也算一种委婉的回应。“基本的教育制度”无非就是现行的教育法规以及其他学校的成例而已，而遍寻各地，目前尚无找到支撑“教授治学、学术自治”的依据。也因此，此后的情形如何走向，还需进一步的观察。
即便是将南科大作为“教授治学、学术自治”的一个试点，按道理讲，也应该有一个明确的说法。当然，不排除南科大可以先行先试的可能。无论如何，好不容易形成的社会共识，不可能因为一纸批复而烟消云散，更不可能被主动性遗忘。
