次年，教育部的清查行动展开。全国100多所“独立学院”被取消办学资格，最终确认了249所。
能活下来的独立学院，是否盈利?企业家究竟赚了多少钱?这无疑是众人关心的焦点。
在陈腾华看来，盈利是个漫长的过程。“如果认真办学，五六年都不可能赢利。你想想，每年学费虽然是几千万到一两个亿，可光再投入就要六成，如果再改善一下条件，又用掉15%。”
回报周期漫长又不可观，独立学院为何还会引起企业家的兴趣?“我想他们投资，从学校直接拿回多少钱是不太可能的，但是他们做大了这个产业，能形成教育的品牌效应。”陈腾华这样理解。
那位董事长也称从未想过回报问题，“如果想十年收回成本，有这种想法肯定会完蛋。虽然是企业老板，但哪怕是企业也不能总考虑控制成本，该花的钱不投入，表面上看是维持住了，但实质是不合格的。”
他算了一笔账，校园建设、文化建设一分钱不能少，“必须给学生提供好的读书环境，办学校不是办工厂，不是搞生产线，我们要对学生负责，如果没有这个公德心，不配搞教育!”
陈腾华相对乐观。他估算，十年是可期待的回报期，“但具体回报不好说。反正为了求财办教育是会吃亏的，教育始终都是公益事业。”
制度瓶颈
独立学院采取的是董事会领导下的院长负责制，“比较好的情况是大家协商，比较差的情况是老板说了算。”
“断奶”在即。独立学院、母体学校和老板三者关系该如何厘清?三者的利益又将如何重新分配?
毋庸置疑，独立学院创办之初借用了母体学校的“光环”，否则不可能有高速发展的“氧气”。
听说一些独立学院的“独立”之举，南开大学滨海学院院长杨清海“很是钦佩”。他在接受媒体采访时坦言，南开大学对滨海学院不可或缺。自办学之初，南开大学从未向滨海学院收取任何费用，学院大部分师资来自母体，所开设的课程八成以上由母体学校的教授和副教授承担。
他所提及的“费用”，即大多数独立学院每年必须向母体学校缴纳的“管理费”。
三角关系的复杂性，远不止钱的问题，董事会机制也让人感到困惑。
独立学院采取的是董事会领导下的院长负责制，“比较好的情况是大家协商，比较差的情况是老板说了算。”陈腾华所在的中山大学南方学院理应设7个董事，投资方3个董事，举办方3个董事，按理还要有1个独立董事，“不过独立董事至今还未产生，好像一直也没有人认真提过这个问题。”
实际上，董事会制度是国际上许多著名私立高校所采取的制度。
复旦大学高等教育研究所的刘凡丰老师曾在《高教探索》上发表《耶鲁大学治理结构的剖析》一文，就详述了耶鲁大学的董事会的组成和职能：
耶鲁宪章规定，耶鲁大学的治理团体在法律上是校长与耶鲁学院院士，简称“董事会”。董事会由19个成员组成，其中3名成员是大学校长、康州州长与副州长;10名成员是“原董事的继承人”，即由现任董事选出的继承人;6名成员是校友董事，由校友直接选出。这16名成员中，一部分曾经是企业家，一部分曾经担任非营利部门的领导职位。
同时，董事会是最高权力机构，制定学校的大政方针。校行政领导负责实施，校董事会监督结果和最后核准。大学的“立法”、实施、监督分别由不同的人士来承担，以避免造成权力的失衡。
而对独立学院而言，董事会究竟起什么作用，从上到下都很清楚，但分工界限不明确。
陈腾华认为，独立学院的董事会也应和国外私立高校一样，管理教育规划、定位，进行筹划、审批预算等，而教育行政管理工作应由行政班子和学术委员会负责，而预算编制结束后该怎么使用是学院自己的事。“也就是说，董事会管理的应是宏观方面，不过很多学校，董事会连很具体的事情都过问，让人无奈。”
正因为如此，尽管不少学院踌躇满志，认为“断奶”将迎来崭新的发展契机，但也有不少人坚持认为，鉴于“三角关系”中仍存在许多模糊地带，独立学院“单飞”很难。
