光镜下能见到子宫内膜上皮、内膜腺体或腺样结构、内膜间质和出血。由于异位内膜反复出血,上述典型组织结构可能被破坏而难以发现。异位的子宫内膜极少发生恶变,但卵巢巧克力囊肿可以恶变为宫内膜样腺癌等,要引起注意。