(一)传染源家畜、家禽及鱼类为传染源。本菌芽胞广布于自然界，病菌由动物(主要是食草动物)肠道排出，污染土壤及岸沙土，由此污染饮食品制作罐头，如加热不足，则其所产芽胞不被消灭，加之缺氧环境，造成肉毒杆菌大量繁殖，产生大量外毒素。
(二)传播途径主要通过食物传播，多见于腌肉、腊肉、猪肉及制作不良的罐头食品，部分地区曾因食用豆豉、豆瓣酱、臭豆腐、米送乎乎及不新鲜的鱼、猪肉、猪肝而发病。肉毒杆菌的繁殖，不一定需要严格的乏氧条件及适当的温度，E型菌可在6℃低温繁殖并产生毒素;A型及B型菌能产生蛋白水解酶，使食物变质;而E型菌不产生此酶，食物可不变质，易疏忽而致病。
战争环境中，敌方可利用肉毒毒素经气溶胶方式传播，广泛污染饮水，粮食及器物，如不及时处理，可造成集体中毒。
