进入现代免疫学时期,已证明在高等动物和人体内存在有结构复杂的免疫系统,是由免疫器官、免疫细胞和免疫分子组成的。同时也证明了免疫应答是由多细胞系完成的。并认为它们之间存在着相互协同的和相互制约的关系,在正常免疫生理条件下,它们处于动态平衡,借以维持机体的免疫稳定状态。抗原进入可激发免疫系统打破了这种平衡,从而诱发了免疫应答,再建立新的平衡状态。在此时期还证明了自身耐受是由多种机制形成的,存在着生理性“自身识别”与病理性“自身识别”。其指导学说是由Jerne提出的免疫网络学说。