(二)对会计电算化系统的处理和控制功能的审计，也可称为对会计电算化系统程序的审计
会计电算化系统的核心就是会计软件，会计软件程序质量的高低，直接决定了会计电算化系统整体水平的高低，在这部分里主要审计会计软件程序对数据进行处理和控制的及时性、正确性和可靠性，以及程序的纠错能力和容错能力。会计软件程序的审计可采用通过计算机审计的方法及利用计算机辅助审计中的数据转换功能的方法来完成。
(三)对会计电算化系统的处理对象即会计数据的审计
会计数据处理的真实性、正确性、可靠性，直接影响到会计信息的真实性、正确性和可靠性，所以这一部分的审计是至关重要的，注册会计师可采用抽查原始凭证与机内凭证相对比，抽查打印日记账和机内日记账相核对等方法，同时也可采用利用计算机辅助审计软件的功能来完成审计，从而降低审计风险。
(四)对会计电算化系统开发质量的审计
会计电算化系统是一项系统工程，主要包括系统分析、系统设计、系统实施及系统维护等。电算化系统的质量，运行水平，一方面依赖于日常的管理和维护，另一方面则取决于会计电算化系统开发过程的质量。一旦在开发过程中产生错误，则在系统运行后，将影响到会计数据的加工处理以及会计信息的真实可靠性。并且在运行后，对该错误进行修改也极其困难，所以，应该在系统开发过程中进行严格的审计保证其质量，防止计算机舞弊，保证系统运行后的可靠性、效率性。
