朱清时始终强调，现在高考关键问题是录取的环节，“一考定终身”禁锢了优质人才的选拔，而尽管南科大的录取模式中高考成绩仍占据过半比例，但这足以打破高考“一考定终身”的局面。
朱清时：美国的自主权主要是录取自主权，统一考试成绩只是每个学校录取的参考，各个学校还要加上自己的考试内容，然后再决定要不要这个学生。我们现在做的631的改革就很接近国际了。我们这么考察使得农村孩子和非重点学校孩子的才干和能力不至于埋没，更容易显示出来。你哪怕考上了高考状元，不一定会被录取，我们还要测试你的能力和看平时成绩，如果一个考的高考成绩不理想，测试你的能力反而很强，超过常人的极限，可能就录取他了。我们要做的试点是更容易在国内推广的。
去年，清华大学(招生办)和北京大学分别牵头举行自主招生，而有观点认为，南科大的录取模式事实上落后于北大和清华，而朱清时却认为，两者有着截然不同的区别。
朱清时：他们的自主招生等于是还要考一次类似于高考的这种考试，只不过他们自主命题的。我们的自主招生要测试的是完全不同的东西，我们要测试的是学生的四种能力，就是记忆力、想象力、洞察力和注意力。这四种能力的测试跟知识的多少、经验的多少毫无关系。所以我们的测试跟他们自主招生测试的东西是完全不一样的。
但朱清时也承认，南科大现在的录取模式并不是他最初设想的那样。
朱清时：我理想的自主招生的方式是自主招生的比例占得更高，而且能够把学生的社会责任感，或者他为人的各方面都能反映进来。现在我们这种模式还是在综合算分数，用一种算法算他的分数，按照测试的分数录取，并没有反映出学生的为人，他的道德品质等等。是不是孝顺父母，是不是关心社会，热心公益事业，是不是乐于助人，这些也应该包含进来。
在朱清时看来，网上之所以出现质疑的声音，是因为人们对南科大赋予了太大的希望，但理想往往不是一蹴而就的。
朱清时：理想的东西往往都不能一步到位实现，要积小步成大步，就是一小步一小步往前走，最后变成一大步。我们现在做的事情实际上就是这样，我们希望学校有完全的招生自主权，但是这个完全的招生自主权要一小步一小步走才能实现。我们如果做得好，大家就放心了，他们这样测试吧是很公正的，而且是科学的，也不会出什么问题。那么下面就可能走的步子就大一些了。
事实上，南科大的改革注定不是一帆风顺的，从学生退学，到三位核心创校成员悄然退出，南科大一路走来磕磕绊绊。今后的路要怎么走?朱清时一时也说不好，他说，只能是走一步看一步，但每一步都要走的稳。
朱清时：走一步说一步吧，我们希望南方科大最终能够办成像加州理工学院那样的世界一流的研究型大学。但是这个可能得一步一步慢慢走。我们已经走了好几步了。比如学校成立了理事会，也成立了教授会。我们正在用学术至上的方式推动学校的发展，让教授更多地参与学校的各种大事的管理、决定中间来。我们希望我们能够走得快一点，但是也要根据现实的情况，每走一步都要稳妥谨慎。
