2000年6月，哈尔滨工业大学与同根同源的哈尔滨建筑大学合并，组建成新的哈尔滨工业大学，两校合并使哈工大的综合实力得到进一步增强。目前，学校设有航天学院、机电工程学院、材料科学与工程学院、能源科学与工程学院、电气工程及自动化学院、理学院、管理学院、人文与社会科学学院、法学院、媒体技术与艺术系、土木工程学院、市政环境工程学院、建筑学院、交通科学与工程学院、计算机科学与技术学院、软件学院、外国语学院、食品科学与工程学院等21个院(系)，以及哈尔滨工业大学(威海)、哈尔滨工业大学深圳研究生院和深圳国际技术创新研究院。学校设有73个本科专业，147个硕士学位点，81个博士学位点，18个博士后流动站，18个具有博士、硕士学位授予权的一级学科和18个国家重点学科，30个国家和省(部)级重点实验室。
哈工大是我国最早开展研究生培养工作的高校之一。哈工大研究生院在1995年首次全国研究生院评估中，是受到表彰的十所研究生院之一，并于1999年荣获“全国学位与研究生教育管理工作先进集体”称号。目前，哈工大硕士、博士研究生在校人数已达到1万余人。
