今后，我国还将促进高校办出特色，克服同质化倾向。继续实施“985工程”、“211工程”和优势学科创新平台、特色重点学科项目 。加强师范、艺术、体育以及农林、水利、地矿 、石油等行业高校建设，突出学科专业特色和行业特色。加强地方本科高校建设。
从2002年起，我国开始尝试高校自主招生，可是历经10年，自主招生在2011年又面临着诸多质疑，到底该放还是该缩 ，争议较大。不过，《意见》给高校的自主招生吃了颗“定心丸”。《意见》指出，改革招生录取模式，推进多元录取，逐步扩大自主选拔录取改革试点范围。
高校自主招生中，最遭人诟病的便是暗箱操作问题，《意见》也提出改革高考管理制度，推进“阳光工程”，加快标准化考点建设，规范高校招生秩序、高考加分项目和艺术体育等特殊类型招生。
