1.统一内外资企业所得税，实行国民待遇原则。改变过去科技税收优惠政策只注重区域性优惠的状况，对从事科技研究与开发的企业给予的所得税优惠政策，不分企业的所在地区、部门、行业和所有制性质，对所有的科研单位与项目一视同仁，保证高新技术企业之间的公平竞争。同时，科技税收优惠必须突出国家产业政策的导向，与国家科技发展计划保持一致。具体而言，当前在保持对高科技产业给予税收优惠的同时，应加大对传统产业进行技术改造的税收优惠力度，对科技投入达到一定数额的国有大中型企业，可与高科技产业享受同等的优惠政策，以尽快实现经济增长方式的根本转变。
2.运用税基式优惠手段，提高竞争力。（1）对于使用先进设备的企业以及为研究开发活动购置的设备或建筑物，实施加速折旧。同时，简化对加速折旧的审批手续，大幅度缩短折旧年限，提高折旧率，进一步降低资金成本，以加快企业的设备更新与技术进步。（2）对从事科技开发的投资与再投资实行投资抵免政策，允许企业按研究开发费用的一定比例从应纳税额中抵缴所得税，提高企业从事技术开发的积极性。（3）准许高新技术企业按照销售或营业收入的一定比例设立各种准备金，如风险准备金、技术开发准备金、新产品试制准备金以及亏损准备金等，用于研究开发、技术更新等方面，并将这些准备金在所得税前据实扣除。
（四）加大研发费用优惠力度，实现逐年平稳增长
遵循国际惯例，取消研发支出增长10%的限定条件，只要企业当年发生了研发支出就应该享受该项税收优惠政策，并允许适当向后结转，使企业当年未用的优惠可以在以后年度得到，使积极开展技术创新、增加研发投入的企业真正得到补偿，鼓励企业自主研发新技术。在研发支出费用化的处理上，建议对符合认定条件的研发支出进行资本化处理。在具体的政策实施上，企业可有两种选择：既可选择资本化作递延资产处理，也可以选择费用化处理。一经选择，在5年内不得更改。同时取消对高新技术企业的计税工资扣除限额标准，与软件生产企业和集成电路设计企业一样，按实际发生额在计缴企业所得税时税前扣除。
（五）建立风险投资税收优惠政策体系，鼓励风险投资
制定优惠政策，鼓励风险投资的发展。1.直接对高技术产业发展过程中存在的风险因素给予考虑。建立科技开发准备金制度并允许费用列支，允许企业特别是有科技发展前景的中小企业，按其销售收入一定比例提取科技开发基金，以弥补科技开发可能造成的损失，并规定准备金必须在规定时间内用于研究开发，技术更新和技术培训等与科技进步的方面，对逾期不用或挪作他用的，应补缴税款并加罚滞纳金。2.制定有关风险投资的税收倾斜政策，鼓励风险投资机制的建立。一方面，对风险投资公司投资高新技术企业的风险投资收入免征营业税，并对其长期实行较低的所得税率；另一方面，对法人投资于风险投资公司获得的利润减半征收企业所得税，对居民投资于风险投资公司获得的收入免征或减征个人所得税。最后，对企业投资高新技术获得利润再用于高新技术投资的，不论其经济性质如何，均退还其用于投资部分利润所对应的企业所得税。
