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然而，当前的知识产权模块技术还有两大难题亟待解决，分别是模块的定价和与其相关的知识产权的保护。由于内核可重复使用，因此供应商定价就要依赖于客户使用ip模块单元的次数。这一问题在专利权方面已经存在了很多年，通常需要长期的许可协议，如果用户滥用就会被处以高额罚金。fpga供应商提供的参数化模块（以及设计工具）的定价非常适当，因为客户如果要在许多器件上使用ip模块就得经常从唯一的供应商处购买器件，而供应商就会从中获益。但对于第三方ip模块提供商情况就不一样了，他们没有这种第二次收益。因此，授权协议（特别是对于软内核的授权协议）就必须非常仔细地斟酌。
对于参数化内核的保护，fpga供应商采用基于。flexlm密钥的方式允许／禁止单个ip内核的生成。可以直到硬件验证时鉴定参数化内核，具体方法是提供使用有时间限制的编程文件或将主机与开发板之间用jtag电缆保持永久连接，从而允许用户在购买许可证之前对器件进行编程并且验证设计。例如，altera，的opencore评估功能允许在目标系统内仿真ip内核的功能，验证设计的功能性并且方便快捷的估计其规模和速度。对ip内核功能完全满意并且想要将设计投入生产时就可以购买许可证，这样才允许生成不受时间限制的编程文件。ouartus软件会自动从.altera的网站上下载最新版的ip内核。虽然许多第三方ip供应商也支持opencore评估流程，但需要自己直接联系ip供应商来启用opencore功能。
软内核的保护更加困难。修改hdl可以使软内核非常难以阅读，也有建议在高级设计中通过将外部硬件最小化方式嵌入水印。水印应该是健壮的，水印中某一位的改变不应破坏对拥有者的授权。
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