JBrowse搭建
JBrowse安装及使用
目录
1JBROWSE简介1
1.1JBROWSE简介1
2JBROWSE安装1
2.1环境说明1
2.2安装JBROWSE1
2.3安装APACHE服务器2
2.4测试DEMO数据3
1JBrowse简介
1.1JBrowse简介
JBrowse是一个开源、可移植、基于JavaScript的基因组浏览器，它能够被用于在网络上导航基因组注释。JBrowse通过避免不连续的转变，作为替代，提供了平滑地动态移动，缩放，导航和通道选择，以帮助维持用户的位置感觉。不像大多数现有的基因组浏览器，其中基因组被渲染为网络服务器上的图像，客户端的作用被限制在显示那些图像，而JBrowse在服务器和客户端间发布工作，并因此比以前的基因组浏览器使用了显著更少的服务器开支。JBrowse能让我们很好地浏览基因数据。
2JBrowse安装
JBrowse的安装可以参照：
http://jbrowse.org/
http://gmod.org/wiki/JBrowse
2.1环境说明
JBrowse可以安装在Linux-Ubuntu/Debian，Linux-Red Hat/Fedora/CentOS，Mac OS X系统上，不同的系统在安装JBrowse之前需要安装不同的依赖环境。
本文的安装环境如下：
系统：RedHad5.5
JBrowse：JBrowse-1.9.6.zip（可以到http://jbrowse.org/网站下载安装包）
2.2安装JBrowse
（1）安装JBrowse环境：在安装JBrowse之前我们需要安装一些必须的依赖包。
Linux-Ubuntu/Debian系统：需要安装libpng，zlib，libgd。
