色吾寺在日喀则地区南木林县境内，距县城７０公里。海拔４７００米。寺庙背向南棕山，面朝第三处阴面伏藏谷，东面是白雪皑皑、巍峨壮观的贡都普巴山。清澈的小溪流经寺庙。色吾寺由证士曲尼囊单主持修建，距今已有一千多年的历史。该寺信奉宁玛派。曾有１个大经堂、１１个殿堂、以及１５０名僧人，主供佛为莲花生大师。
１９８４年，在原寺的废墟上修复了大经堂和９个殿堂，供有莲花生师徒三尊佛，有个一空行母益希措嘉的修行洞。现有６５名僧人、４名尼姑。该寺藏有１６件珍品，有证士曲尼囊单从伏藏谷挖掘出来的莲花生主尊响铜三像、噶玛巴的鞋子、空行母益希措嘉金刚橛、莲花生大师九股和五股金刚杵、黑石右旋的海螺、莲花生大师在石头上留下的右手指印等。
寺庙的西面矗立着一座具德堆宝塔。相传，此塔是从印度飞到色吾沟来的，塔内装藏着莲花生大师在石头上留下的左手指印。寺庙北面的南棕山上有三处禅房和修行洞。每年藏历１２月２２日至３０日，该寺举行跳神和驱鬼宗教仪式。
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