清华大学（北京）连续五次蝉联两岸四地大学排名榜首，清华大学（新竹）和台湾大学分获第二和第三名，前三名位次与去年相比没有变化。北京大学从去年的第五名上升到2016年的第四名，香港中文大学从去年的第七名上升到2016年的第五名。位列第六名至第十名的大学分别是香港大学、香港科技大学、中国科学技术大学、浙江大学和复旦大学，其中复旦大学首次进入前十名。
2016年两岸四地百强大学
名次公布校名地区总分1清华大学（北京）大陆100.02清华大学（新竹）台湾87.93台湾大学台湾85.84北京大学大陆78.05香港中文大学香港72.36香港大学香港70.37香港科技大学香港69.98中国科学技术大学大陆67.59浙江大学大陆64.410复旦大学大陆62.511交通大学（新竹）台湾62.312上海交通大学大陆61.913香港城市大学香港55.414香港理工大学香港51.015成功大学台湾49.116阳明大学台湾48.017南京大学大陆46.218中央大学台湾45.419中山大学（广州）大陆44.220台湾科技大学台湾44.121华中科技大学大陆43.322中山大学（高雄）台湾43.223中国农业大学大陆42.824北京航空航天大学大陆42.725北京师范大学大陆42.426武汉大学大陆41.727西安交通大学大陆41.228南开大学大陆40.629吉林大学大陆40.430哈尔滨工业大学大陆39.931同济大学大陆38.932东南大学大陆38.233天津大学大陆37.434中国人民大学大陆37.335长庚大学台湾36.936大连理工大学大陆35.937四川大学大陆35.538厦门大学大陆35.439中南大学大陆35.240北京理工大学大陆35.141中兴大学台湾33.542山东大学大陆32.443香港浸会大学香港32.344华南理工大学大陆32.045华东师范大学大陆31.746澳门科技大学澳门30.747北京科技大学大陆30.248中国石油大学（北京）大陆30.149澳门大学澳门29.750中国医药大学台湾29.650中正大学台湾29.652华东理工大学大陆29.553台北医学大学台湾29.454中国地质大学（北京）大陆29.255台湾师范大学台湾28.855台北科技大学台湾28.857高雄医学大学台湾27.958南京理工大学大陆27.559暨南国际大学台湾27.460天津医科大学大陆26.660重庆大学大陆26.660东北师范大学大陆26.663北京交通大学大陆26.564北京工业大学大陆26.465中国海洋大学大陆26.365南京农业大学大陆26.367湖南大学大陆26.167北京邮电大学大陆26.169兰州大学大陆25.870西北大学大陆25.670中原大学台湾25.672电子科技大学大陆25.572东北大学大陆25.574云林科技大学台湾25.375高雄师范大学台湾25.276哈尔滨工程大学大陆24.977苏州大学大陆24.877北京中医药大学大陆24.879政治大学台湾24.479彰化师范大学台湾24.481台湾海洋大学台湾24.182南京师范大学大陆23.982北京化工大学大陆23.984南京航空航天大学大陆23.785上海财经大学大陆23.686东华大学（上海）大陆23.387元智大学台湾22.888东华大学（花莲）台湾22.788西安电子科技大学大陆22.790中国政法大学大陆22.391云南大学大陆22.291上海大学大陆22.293西北农林科技大学大陆22.194中国地质大学（武汉）大陆21.894华中师范大学大陆21.896对外经济贸易大学大陆21.196河海大学大陆21.196中山医学大学台湾21.199暨南大学大陆21.099台南大学台湾21.0