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因素法计算农用地自然质量分的过程如下：
(1)确定分等因素指标区
采用因素法计算农用地自然质量分，需要划分农用地分等因素指标区(以下简称指标区)，指标区是依主导因素原则和区域分异原则划分的分等因素体系一致的区域。
a．指标区可根据地貌条件、耕作制度等划分，也可根据强限制性因素的区域分异规律划分；
b．在县域范围内，指标区一般不超过10个；
c．一个指标区内，选定的分等因素要对农用地的质量有明显影响，一般不超过10个，农用地自然质量分依据所选用的分等因素计算；
d．按照强限制性因素划分的指标区称作限制区，在限制区内，由于强限制性因素的作用，农用地自然质量分的最高分不能取100分，假设该限制区内最优农用地条件的自然质量分为80分，则限制区内所有分等单元的按百分制计算出的农用地自然质量分，均需乘以0．8的限制系数；
e．将确定的结果填入相应表格中；
f．编制指标区图。
(2)确定分等因素
农用地分等因素分推荐因素和自选因素两类。推荐因素由国家统一确定，分区、分地貌类型给出；自选因素由省级土地行政主管部门确定，用于分等的自选因素一般不超过3个。所有分等因素都需要采用特尔菲法、因素成对比较法、主成分分析法、层次分析法等方法中的两种以上方法进行检验和确定，在分等任务书中应予以明确。
农用地分等因素按照以下方法步骤确定：
a)在推荐因素和自选因素中进行选择，初步确定指标区内的分等因素；
b)通过查找相应分区的推荐因素即得到本县域的推荐因素；
c)自选因素由各地经分析论证后确定，自选因素可以从以下几个方面确定：
1)水文：水源类型(地表水、地下水)、水量、水质等；
2)土壤：土壤类型、土壤表层有机质含量、表层土壤质地、有效土层厚度、土壤盐碱状况、剖面构型、障碍层特征、土壤侵蚀状况、土壤污染状况、土壤保水供水状况、土壤中砾石含量等；
3)地貌：地貌类型、海拔、坡度、坡向、坡型、地形部位；
4)农田基本建设：灌溉条件(水源保证率、灌溉保证率)、排水条件、田间道路条件、田块大小、平整度及破碎程度等。
初步确定的农用地分等因素，应进一步按照指标区的具体情况，经过科学分析论证后加以简化。
(3)编制“指定作物一分等因素一自然质量分”记分规则表
编制记分规则表的基本要求：
a．按指定作物分别编制；
b．推荐因素指标与指标分值的关系，可参见农用地分等规程附录C，但在实际工作中应根据指定作物、指标区的情况加以调整；
c．自选因素指标与指标分值的关系，由各地自行确定；
d．记分规则表的编制应建立在当地试验资料的基础上；如果没有试验资料，则要采取适当的定性分析方法加以确定；
e．记分规则表编制应在上级农用地分等技术指导机构的指导下进行；
f．将确定的结果填入相应的表格中。
(4)编制分等因素图
根据分等因素实际状态值的区域分布，编制农用地分等因素图。
(5)读取分等因素指标分值
根据分等因素图及记分规则表，获得各分等单元各指定作物的分等因素指标分值。
(6)计算农用地自然质量分
采用几何平均法或加权平均法，计算各分等单元各指定作物的农用地自然质量分。
a．几何平均法的计算公式见下式：